Keuchhusten ist zu Beginn meist schwer zu erkennen, da die Symptome meist unspezifisch sind. Das Herausstrecken der Zunge beim Husten und die nächtlichen Hustenattacken geben oft erste Hinweise.
In der Untersuchung des Blutes wird zunächst ein Anstieg der Abwehrzellen zu sehen sein (Leukozytose), was auf eine Infektion mit Bakterien hinweist. Daraufhin wird im Normalfall versucht den Erreger, also das Bakterium Bordetella Pertussis, nachzuweisen. Dazu wird ein Abstrich aus dem Nasen-Rachen-Raum entnommen, woraus das Bakterium direkt angezüchtet werden kann. Diese sogenannte Bakterienkultur dauert jedoch einige Zeit. Als Alternative kann deshalb auch das Erbgut des Bakteriums isoliert und nachgewiesen werden.
Antikörper gegen den Erreger finden sich im Blut erst zwei bis vier Wochen nach dem Beginn der Erkrankung.
Entzündungen der Atemwege wie eine Bronchiolitis, die durch das Respiratory syncytial Virus ausgelöst wird, oder eine Lungenentzündung können zunächst mit der Pertussis-Erkrankung verwechselt werden. Beide Krankheiten zeigen jedoch nicht den Verlauf in verschiedenen Stadien sowie den charakteristischen Husten.
Auch die Mukoviszidose (zystische Fibrose) kann zunächst ähnliche Symptome wie Keuchhusten verursachen.
Bei einem plötzlich einsetzenden Husten sollte man außerdem ausschließen, dass das Kind keinen Gegenstand verschluckt oder eingeatmet hat (Fremdkörperaspration).
