In der ökologischen Landwirtschaft kommt eine Reihe von Substanzen nicht zum Einsatz, die allgemein ein Risiko für die menschliche Gesundheit darstellen können. Allen voran sind dies die Pestizide (Pflanzenschutzmittel). Zu diesen gehören Unkrautvernichter (Herbizide), Insektenvertilgungsmittel (Insektizide) und Pilzvernichtungsmittel (Fungizide). Von diesen Mitteln können sich Rückstände in den erzeugten Nahrungsmitteln ansammeln. Die Rückstände sind zwar normalerweise zu gering, um eine akute Wirkung auf die menschliche Gesundheit auszuüben. Aber sie können möglicherweise auf Dauer eine schädigende Wirkung aufweisen. Sie können unter Umständen Krankheiten begünstigen wie z. B. Krebs, Missbildungen an Kindern im Mutterleib, nervliche oder Immunerkrankungen. Wahrscheinlich ist das Risiko gering, aber es ist nun einmal nicht genau bekannt, wie stark die Gefahr tatsächlich ist.
Antibiotika kommen in der biologischen Tierzucht nicht zum Einsatz, ebenso werden andere synthetische Medikamente nicht verwendet. Ausnahmen sind möglich, z. B. bei schweren Erkrankungen mit einer Gefährdung des Tieres. Nach der Gabe der Medikamente muss eine bestimmte Zeit gewartet werden, bis Produkte verkauft werden dürfen. Bei der Produktion von Nicht-Bio-Fleisch ist die Verwendung der Antibiotika und Arzneimittel viel häufiger. Sie finden sich darum auch in den Produkten häufiger wieder.
Zumindest ist bei Bio-Produkten gewiss, dass sie nicht vorsätzlich mit diesen schädlichen Stoffen belastet sind. Das findet sich auch in Untersuchungsergebnissen wieder. Die meisten Studien zeigen, dass die Bio-Produkte wesentlich weniger Rückstände und Verunreinigungen aufweisen als herkömmlich erzeugte Nahrungsmittel. Grenzwerte werden bei Bio-Lebensmitteln nur extrem selten überschritten, während es bei den konventionellen Produkten gelegentlich der Fall ist.
Eine weitere gesunde Eigenschaft der Bio-Produkte ist das geringere Risiko, dass sich Allergien entwickeln. Herkömmliche Lebensmittel haben oft viele unterschiedliche Inhaltsstoffe, während Bio-Produkte meist weniger Zutaten haben. Es ergeben sich weniger Möglichkeiten, gegen welche Substanzen eine Allergie entstehen kann. Die bei konventionellen Produkten häufigen künstlichen Zusatzstoffe sind übliche Quellen für Allergien.
Gentechnisch veränderte Lebewesen werden in der ökologischen Landwirtschaft nicht angebaut. Ob Gen-Lebensmittel eine Gefahr für die Gesundheit darstellen, wird kontrovers gesehen. Sicher ist, dass auch gewisse Substanzen aus den Gen-Pflanzen zu Allergien führen können. Weitere mögliche Gesundheitsgefahren durch die genmanipulierten Lebensmittel lassen sich nicht genau absehen.