Verbrauchern fällt oft als erstes auf, dass die Bio-Artikel meist teurer sind als die gleichen Produkte aus konventioneller Erzeugung. Dies lässt sich einfach erklären, denn die Herstellung auf ökologische Weise ist aufwändiger als eine industrielle (konventionelle) Produktion. Schon der Platzbedarf ist größer, und die Bauern müssen pro Pflanze oder Tier mehr Arbeit verrichten. Geeignete Futtermittel für Tiere sind meist selbst bio und dementsprechend teuer.
Die Erträge sind dafür in der Regel geringer als bei industrieller Erzeugung, welche auch noch auf Mittel wie Kunstdünger, Pestizide oder Gentechnik zurückgreifen kann. Auch dauert es oft länger, bis ein Erzeugnis reif ist beziehungsweise verkauft werden kann. Weiterhin entsteht ein Mehraufwand bei der Lagerung und bei der Weiterverarbeitung von Bio-Lebensmitteln. Bei Bio-Betrieben handelt es sich ohnehin häufiger um Kleinbetriebe, die gegenüber der Massenproduktion höhere Kosten pro Wareneinheit aufweisen. Außerdem müssen nachhaltig arbeitende Bauernhöfe sowohl Nutzpflanzen anbauen als auch Vieh züchten, anstatt sich auf eine Sparte konzentrieren zu können.
Viele Verbraucher greifen wegen des Preises nicht zu dem Bio-Produkt, sondern zum herkömmlichen Artikel, weil sie sich die Bio-Ware nicht leisten können oder wollen. Deshalb haben Bio-Produkte im Handel immer noch eine weit geringere Bedeutung als konventionelle Lebensmittel.