Der Sonnenhut sollte nicht bei einer Allergie gegen Korbblütler eingenommen werden.
Während der Schwangerschaft oder Stillzeit sollte die Pflanze nur auf ärztlichen Rat hin eingenommen werden. Die Verwendung von Sonnenhut bei Säuglingen und Kindern sollte nur nach Rücksprache mit einem Arzt erfolgen.
Bei schweren chronischen Erkrankungen, wie Tuberkulose, Leukosen, Kollagenosen, multiple Sklerose und anderen Autoimmunkrankheiten, sowie Aids und HIV-Infektionen, ist die Anwendung von Sonnenhut nicht zu empfehlen.
Der Sonnenhut kann allergische Reaktionen auslösen.
Werden Präparate der Pflanze injiziert, kann es zu Schüttelfrost, Fieberreaktionen, Übelkeit und Erbrechen kommen. In seltenen Fällen können auch allergische Reaktionen vom Soforttyp mit anaphylaktischem Schock, Lidödem, akuter Atemnot und Hautausschlag auftreten.