Aufgrund der enthaltenen Terpene wirkt Teebaumöl antimikrobiell (beeinträchtigt den Stoffwechsel von Mikroorganismen) und fungizid (pilzvernichtend).
Angewendet wird der Teebaum bei Hauterkrankungen, wie leichter Akne und Fuß- und Nagelpilz. Auch bei Zahnfleischerkrankungen, Schleimhautentzündungen, Fieberbläschen und Wunden kann er verwendet werden.
Traditionell wird Teebaumöl auch bei Parasitenbefall, Muskelschmerzen, Schuppenflechten, Rheuma, Raucherhusten, Krampfadern, Bronchitis und Herpes eingesetzt.
Teebaumöl sollte nur äußerlich angewendet werden. Es ist Bestandteil zahlreicher dermatologischer Präparate. Für Gurgel- und Mundspüllösungen werden 3 - 5 Tropfen Teebaumöl auf die Gesamtmenge verwendet.
Als Badezusatz verwendet, werden dem Badewasser 10 Tropfen ätherisches Öl hinzugegeben. Zur Behandlung von Hauterkrankungen wird das Teebaumöl mehrmals täglich dünn auf die betroffene Stelle aufgetragen.