Bei der allergischen Reaktion Typ II steht im Vordergrund, dass körpereigene Zellen zugrunde gehen. Es handelt sich in den meisten Fällen um Blutzellen.
Auf den betroffenen Zellen sitzen körperfremde Stoffe (Antigene) auf. Diese können von Antikörpern der Unterarten IgG und IgM, die sich im Blut befinden, erkannt werden. Antikörper und Antigene verbinden sich, und es kommt zu einer Abwehrreaktion. Die Zelle wird zerstört. Eine Rolle spielt auch das Komplementsystem, das einen Teil des unspezifischen Abwehrsystems darstellt. Diese Eiweißstoffe können die Zellen auflösen und so genannte Fresszellen anlocken.
Über eine Typ-II-Reaktion kann es z. B. zur Zerstörung von roten Blutkörperchen (hämolytische Anämie) beziehungsweise zur Blutgruppenunverträglichkeitsreaktion oder zu Transfusionszwischenfällen kommen. Ebenfalls können z. B. Granulozyten, eine Art weißer Blutkörperchen, zerstört werden (Agranulozytose) oder auch die zur Gerinnung wichtigen Blutplättchen (Thrombozyten, Thrombozytopenie).