Gegen Allergien ist häufig die Anwendung von Arzneimitteln (Antiallergika) sinnvoll. Die wichtigsten Medikamentengruppen sind Antihistaminika (Mittel, die gegen Histamin wirken, das bei vielen Allergien eine Rolle spielt) und Glukokortikoide (Cortison und ähnliche Wirkstoffe) sowie Mastzellstabilisatoren (Mittel, die eine Ausschüttung von Histamin und anderen Stoffen aus Mastzellen verhindern). Bei speziellen Formen von Allergien kommen weitere Medikamente zum Einsatz, z. B. Wirkstoffe zur Erweiterung der Bronchien beim Asthma.
Allgemein sollten (z. B. bei Augentropfen und Nasensprays) möglichst Präparate verwendet werden, die keine Konservierungsstoffe enthalten. Konservierungsstoffe können zusätzlich zu Reizerscheinungen und weiteren allergischen Reaktionen führen.