In den meisten Fällen erfolgt eine spezifische Immuntherapie durch die Gabe von Spritzen. Die Injektion erfolgt unter die Haut, aber nicht in die Blutgefäße. Während der Behandlungssitzung ist ein Arzt anwesend. Nach der Gabe einer Spritze muss der Patient noch eine halbe Stunde im Behandlungszimmer bleiben, damit mögliche Komplikationen sofort erkannt werden können. Die Injektionen erfolgen jeweils in einem bestimmten Abstand (täglich bis wöchentlich). Die zunächst sehr niedrige Anfangsdosis des Allergen-Präparates wird immer mehr gesteigert. Ist nach einigen Wochen bis Monaten die Höchstdosis erreicht, so wird die Behandlung mit dieser Dosierung fortgeführt. Die Spritzen können meist in größeren Zeitabständen gegeben werden (z. B. alle vier Wochen). In der Regel wird die spezifische Immuntherapie über einen Zeitraum von drei Jahren vorgenommen, bisweilen auch über fünf Jahre.

Die Zeiträume können variiert werden. Bei einer so genannten Cluster-Immuntherapie wird anfangs mehrere Male am Tag eine Spritze verabreicht, so dass bereits nach einigen Tagen die Höchstdosis gegeben werden kann. Bei einer Kurzzeit-Immuntherapie werden überhaupt nur vier oder sieben Spritzen gegeben, und zwar vor der Pollenflugzeit wöchentlich.

Bei einigen Patienten wird das Allergen nicht über Spritzen, sondern als Tropfen in den Mund unterhalb der Zunge gegeben (sublinguale Immuntherapie, SLIT). Eine neuartige Methode, die bisweilen angewendet werden kann, ist die Immuntherapie mit Tabletten, die sich im Mund auflösen.