Es ist zu beachten, dass bei einigen Patienten auf die Hyposensibilisierung verzichtet werden muss. Gegen die Durchführung der Behandlung sprechen chronische Infektionen, Herzkrankheiten, Leber- und Nierenschäden, Tumore, eine Immunschwäche, eine Schilddrüsenüberfunktion sowie Asthma, wenn bereits unwiederbringlich die Lungenfunktion herabgesetzt ist. Während der Schwangerschaft darf die Hyposensibilisierung nicht durchgeführt werden. Kleine Kinder werden nur in Ausnahmefällen mit der Methode behandelt (z. B. bei gefährlicher Insektengiftallergie). Bei Einnahme bestimmter Medikamente (z. B. ACE-Hemmer, Betablocker) darf die Hyposensibilisierung ebenfalls nicht erfolgen. Während eines akuten Infektes oder kurz nach einer Impfung muss die Behandlung auf einen späteren Zeitpunkt verschoben werden.
