Die Diagnose wird vom Arzt durch den Anblick und das Abtasten des Afters gestellt. Es zeigt sich für den Mediziner meist ein eindeutiger Befund eines rötlich-bläulichen Knotens am Außenrand der Analöffnung.
Perianalthrombosen werden oftmals vom Betroffenen für Hämorrhoiden gehalten, da diese ein allgemein bekanntes und häufiges Krankheitsbild sind. Des Weiteren können akute Schmerzen am After auch auf einige andere Erkrankungen hindeuten, z. B. auf einen Afterriss (Analfissur).