Durch die Reaktion der Antikörper mit diesen Strukturen kommt es zur Bildung von Blutgerinnseln. Je nachdem, wo diese auftreten, kommt es entweder zu Schlaganfällen, Thrombosen, Herzinfarkten, Lungenembolien oder Schwangerschaftskomplikationen. Oft tritt das Antiphospholipid-Syndrom mit anderen Krankheiten verknüpft auf, z.B. mit Lupus erythematodes. Der Grund hierfür ist bisher nicht bekannt.
Das Antiphospholipid-Syndrom zählt zu den Autoimmunerkrankungen, zur Untergruppe der Kollagenosen. Autoimmunerkrankungen entstehen, wenn das Immunsystem Antikörper („Angriffsstoffe") gegen körpereigene Strukturen bildet.