Viele rheumatische Erkrankungen entwickeln sich aufgrund einer Störung des Immunsystems, woraufhin der Körper eigene Strukturen wie z.B. die Gelenkinnenhaut als fremd sieht und angreift. Diese werden auch als so genannte Autoimmunkrankheiten bezeichnet und können sowohl in Form der Kollagenosen als auch systemische Erkrankungen auftreten, bei denen nicht nur ein Organ bzw. eine Körperregion, sondern gleichartige Gewebe in vielen verschiedenen Organen Ziel des fehlgeleiteten Immunsystems sind.
Bislang sind die Ursachen für die Fehlfunktion des Immunsystems unbekannt. In einigen Fällen konnten jedoch familiäre sowie geschlechtsspezifische Häufungen festgestellt werden. Zudem lassen sich bei vielen Betroffenen bestimmter rheumatischer Erkrankungen, charakteristische genetische Marker nachweisen. Dies lässt vermuten, dass es einen gewissen Einfluss genetischer Faktoren geben muss.
Bei den infektreaktiven Arthritiden, eine kleine Gruppe entzündlich-rheumatischer Erkrankungen, ist ein ursächlicher Zusammenhang mit bereits abgelaufenen, meist bakteriellen Infektionen (vor allem des Darms oder des Urogenitaltraktes) erkennbar. Neben den typischen Symptomen wie Schmerzen oder Schwellungen kommt es häufig zu Spätfolgen wie Gelenkzerstörung, Fehlstellungen und Funktionsverlust.