Wird die innere Uhr durch äußere Einflüsse zu sehr aus der Bahn geworfen, dann kommt es zu Problemen mit Müdigkeit einerseits und Einschlafstörungen andererseits. Es kann zum chronischen Schlafmangel kommen, der weitere unangenehme Folgen nach sich ziehen kann.
Das häufigste und schwierigste Problem besteht bei Schichtarbeit beziehungsweise Nachtarbeit. Wer nachts arbeiten muss, macht dies in einem Zeitraum, in dem sich der Körper normalerweise auf Ruhe und Schlaf einstellt. Schichtarbeit lässt sich aber nicht immer verhindern. Wenn Schichtarbeit unbedingt notwendig ist, sollten enge Vorschriften beachtet werden. Während der Nachtarbeit, insbesondere zum Tiefpunkt zwischen 3 und 4 Uhr, passieren sehr häufig Unfälle oder Fehler. Einen ähnlichen Effekt wie Schichtarbeit haben z. B. nächtliche Discobesuche.
Die zuvor erwähnten Morgen- und Abendmenschen („Lerchen" und „Eulen") müssen oft mit vergleichbaren Schwierigkeiten kämpfen, wenn äußere Umstände, vor allem in der Arbeitswelt, sie zum Abweichen von der bevorzugten Aktivitätszeit zwingen.
Ein weiteres Problem der heutigen Zeit besteht im Überwinden verschiedener Zeitzonen der Erde durch Flüge. Die entstehenden Schwierigkeiten werden Jetlag genannt. Besonders bei Reisen von West nach Ost, etwas weniger stark von Ost nach West kommt es zur äußeren Verschiebung der Tageszeit. Daraus kann resultieren, dass der Betroffene am neuen Ort zur Nachtzeit nicht schlafen kann oder am Tage sehr müde ist.
Eine geringere, bei manchen Menschen aber auch nicht zu unterschätzende Störung wird durch die Zeitumstellung von Winter- auf Sommerzeit und umgekehrt bewirkt.
Durch die Unregelmäßigkeiten und Verschiebungen der Zeiten wird die innere Uhr oft erheblich gestört. Es kommt nicht nur dazu, dass der Betroffene nicht müde ist, wenn er schlafen soll, und vermindert leistungsfähig ist, wenn er arbeiten oder aktiv sein soll. Es können auch körperliche Probleme bis hin zu Krankheiten sowie auch seelische Störungen die Folge sein. Herz und Kreislauf, Magen und Darm, Schilddrüse und Leber leiden unter den veränderlichen Zeiten. Kopfschmerzen, Unruhe und Nervosität oder Erschöpfung sind häufige weitere Auswirkungen. Nicht zuletzt können durch die schlechte Leistungsfähigkeit auch Fehler passieren, z. B. bei der Arbeit oder hinter dem Steuer.
