Bei der (obstruktiven) Schlafapnoe wird beim Schlafen immer wieder der Rachenraum durch das in sich zusammenfallende Weichgewebe verlegt. Eine Rolle dabei spielt auch die Zunge, die insbesondere beim Liegen auf dem Rücken nach hinten fällt. Durch diesen Atemwegsverschluss und den Sauerstoffmangel kommt es zu einem Weckreiz im Gehirn, damit sich der Widerstand löst und wieder geatmet wird. Die Schlafapnoe ist damit gewissermaßen die Extremform des Schnarchens. Ein erhöhtes Risiko, an der Schlafapnoe zu leiden, haben vor allem Menschen mit Übergewicht. Am häufigsten kommt die Erkrankung bei Männern zwischen 40 und 70 Jahren vor.
Es gibt noch eine weitaus seltenere Form der Schlafapnoe, die durch Schädigung bestimmter Regionen im zentralen Nervensystem bedingt ist. Der Patient hat vom Nervensystem her keinen „Antrieb" zum Atmen. Eine solche zentrale Schlafapnoe hat in der Regel erbliche Ursachen.