Sollte der Schluckauf durch eine Krankheit verursacht sein, muss diese ursächlich behandelt werden.
Entzündungen können mit antientzündlichen und antibiotischen Medikamenten bekämpft werden. Tumore können chemotherapeutisch, radiologisch oder operativ behandelt werden. Die Therapie von Verletzungen oder Entzündungen im Gehirn richtet sich speziell nach dem Auslöser der Erkrankung.
Langanhaltender Schluckauf, der nicht ursächlich behandelt werden kann, stellt für den Betroffenen eine schwere Belastung dar. In schweren Fällen wird daher mit muskelentspannenden Medikamenten, Antiepileptika und Beruhigungsmitteln therapiert. Auch Protonenpumpenhemmer, die die Magensäureproduktion blockieren und verdauungsfördernde Mittel können angewendet werden.