Bei der klinischen Untersuchung beobachtet der Arzt die Bewegung des Kehlkopfs und der Muskulatur beim Schlucken und überprüft die Sensibilität im Mund- und Rachenbereich. Mithilfe eines Spatels, eines Lämpchens und speziellen Spiegeln kann der Arzt Mund und Rachen nach Auffälligkeiten wie Rötung oder Schwellungen untersuchen. Außerdem testet er Schluck-, Husten- und Würgreflex.
Der Schluckvorgang an sich kann mittels einer speziellen Röntgenuntersuchung beobachtet werden, bei der der Patient Kontrastmittel schluckt und dabei geröngt wird. Die Passage der Nahrung kann so vom Mund bis in den Magen dargestellt werden. Auch die Achalasie und Ösophagusdiviertikel können mithilfe dieser Methode erkannt werden. Zusätzlich können Röntgenaufnahmen des Brustkorbs oder eine Magenspiegelung (Gastroskopie) durchgeführt werden.
Im Labor kann ein Abstrich aus dem Rachen und eine Blutprobe auf Krankheitserreger und Entzündungszeichen untersucht werden.