Sollten Hausmittel und Präparate aus der Apotheke nicht helfen, kann der Arzt die so genannten Protonenpumpenhemmer (PPIs) verschreiben. Sie blockieren die Produktion der Magensäure und lindern die Symptome der Refluxkrankheit. Antazida neutralisieren den sauren pH des Magens, H2-Rezeptorblocker verhindern die Ausschüttung der Magensäure.
Sodbrennen an sich sollte mit diesen Mitteln zu behandeln sein. Eine schwerwiegende Langzeitfolge eines ständigen Rückflusses von Magensäure in die empfindliche Speiseröhre ist die Verätzung der Schleimhaut in diesem Bereich. Als Schutzmechanismus wandelt sich die Schleimhaut um und verändert ihre Struktur. Eine solche vernarbte Speiseröhre nennt man auch Barrett-Ösophagus. Diese Veränderung ist nicht rückgängig zu machen und sollte regelmäßig kontrolliert werden, da sich besonders im Narbengewebe Tumorzellen entwickeln können.