Bei den Bluttests und bei den Tests, bei denen die Haut eröffnet wird, kann es in sehr seltenen Fällen zu Komplikationen wie Blutungen, Narben oder Wundinfektionen kommen.
Nicht immer führen die Allergietests zu einem richtigen und eindeutigen Ergebnis. Nicht selten ist der Test fälschlich negativ, z. B. wenn eine zu niedrige Konzentration des Allergens das Gewebe erreicht oder wenn mehrere allergieauslösende Stoffe gemeinsam für Reaktionen verantwortlich sind. Das Ergebnis kann andererseits aber auch positiv ausfallen, wenn der getestete Stoff gar keine Allergie bedingt und nur eine Hautreizung vorliegt. Im Zweifelsfall wird eine weitere Methode der Allergietests durchgeführt.
Um den Auslöser einer Allergie herauszufinden, bietet ein Allergietest zusammen mit einer gründlichen Anamnese (Arzt-Patienten-Gespräch insbesondere darüber, wann welche Symptome am stärksten sind) die beste Möglichkeit. Abhängig von der Symptomatik können weitere diagnostische Mittel verschiedener medizinischer Fachgebiete zum Einsatz kommen, beispielsweise beim Asthma ein Lungenfunktionstest.