Ein mikrobiologischer Abstrich erfolgt, um eine Infektion mit Bakterien, Pilzen oder manchmal auch anderen Krankheitskeimen nachzuweisen und den genauen Erreger zu finden. Beispiele für solche vermuteten Infektionskrankheiten sind Rachenentzündung (Pharyngitis) und Mandelentzündung (Tonsillitis), Scheidenentzündung (Vaginitis), Bindehautentzündung (Konjunktivitis) und Hornhautentzündung (Keratitis) am Auge sowie Entzündungen von Wunden und offenen Stellen.
Ein zytologischer Abstrich wird vorgenommen, wenn eine Untersuchung auf Zellen erfolgen soll. Dies dient vor allem dem Nachweis oder Ausschluss von Tumoren, z. B. am Gebärmutterhals (Zervixkarzinom) oder in den Bronchien (Bronchialkarzinom, Lungenkrebs).
Eine weitere Art der Abstriche dient der Gewinnung von Mundschleimhautzellen, um eine DNA-Bestimmung vornehmen zu können. Das Verfahren eignet sich unter anderem für Vaterschaftsgutachten oder zur Aufklärung von Straftaten.
