Neben der bloßen Betrachtung können bei einer Bronchoskopie auch weitere Maßnahmen durchgeführt werden. Als Untersuchungsmethoden können z. B. eine Biopsie (Entnehmen einer Gewebeprobe, meist mit einer Zange), eine Lavage (Bronchiallavage, eine Spülung zur anschließenden Untersuchung der Flüssigkeit auf veränderte Zellen) oder eine Einbringung von Kontrastmittel zur späteren Röntgenuntersuchung (Bronchographie) vorgenommen werden. Auch Maßnahmen zur Behandlung können im Rahmen einer Bronchoskopie erfolgen, z. B. die Absaugung von Schleim, eine Fremdkörperentfernung oder das Setzen einer inneren Schienung (Stent) bei Bronchienverengung (meist durch Krebs).
Vor der Bronchoskopie sind meist verschiedene andere Untersuchungen notwendig, um die Risiken abschätzen zu können, z. B. ein Röntgen des Brustkorbs, ein EKG, eine Lungenfunktionsprüfung und eine Blutuntersuchung (Gerinnung).