Der HPV-Test kann im Rahmen einer Früherkennung von Gebärmutterhalskrebs eingesetzt werden. Dies gilt vor allem für Frauen ab 30 Jahren, da früher stattgefundene Infektionen mit HPV bei ihnen meist schon verschwunden sind und es sich bei einem positiven HPV-Test oft um eine bleibende Infektion handelt. Aus dem Ergebnis kann dann abgeschätzt werden, ob ein höheres Krebsrisiko besteht und in welchem Abstand Kontrolluntersuchungen durchgeführt werden sollten.
Außerhalb der Früherkennungsuntersuchungen wird der HPV-Test durchgeführt, wenn ein gynäkologischer Abstrich auf Zellen (Pap-Test) mehrfach ein auffälliges oder unklares Ergebnis geliefert hat. Auch nach einer Therapie von Gebärmutterhalskrebs oder dessen Vorstufen kann der HPV-Test als Kontrolluntersuchung sinnvoll sein, damit ein erneutes Auftreten der Erkrankung erkannt werden kann.