Bei der Abgabe einer Urinprobe mit der normalen Methode können keine Komplikationen auftreten. Beim Einlegen eines Katheters oder bei einer Blasenpunktion kann es zu Komplikationen wie z. B. Infektionen oder mechanischen Schäden kommen.
Die Erkrankungen, bei denen die Harnuntersuchung als diagnostische Möglichkeit dient, können jeweils auch mit anderen Methoden beurteilt werden. So können beispielsweise Nieren und Harnblase mit einer Ultraschalluntersuchung begutachtet werden. Bei vielen Erkrankungen empfiehlt sich z. B. auch die Durchführung einer Blutuntersuchung.