Mit der Nierenbiopsie ist es möglich, verschiedene Krankheiten der Niere festzustellen und deren Schweregrad zu beurteilen. Die Biopsie der Niere wird daher meist dann durchgeführt, wenn der Patient Beschwerden hat, die auf eine schwere Erkrankung der Niere hindeuten und genauer abgeklärt werden müssen.

Auch als Kontrolluntersuchung bei einer bereits bekannten Nierenerkrankung oder nach einer Nierentransplantation eignet sich die Biopsie. Mit der Nierenbiopsie lassen sich einige Informationen gewinnen, die bei anderen Untersuchungsmethoden nicht zum Vorschein kommen. So kann unter anderem auch über die bestmögliche Therapie entschieden werden

Eine Nierenbiopsie kann daher zur Ursachenfindung angezeigt sein, wenn sich die Nierenfunktion verschlechtert oder es zu einem Nierenversagen kommt. Auch bei Eiweißverlust oder Blutabgang über den Urin kann sich eine Biopsie der Niere lohnen. Ohne spezifische Beschwerden wird eine Nierenbiopsie manchmal durchgeführt, wenn der Erfolg einer Nierentransplantation beurteilt werden soll oder kontrolliert werden soll, ob bei einer mehrere Organe betreffenden Krankheit (z. B. dem systemischen Lupus erythematodes) Nierenschäden entstanden sind.

Erkrankungen, die in der Nierenbiopsie festgestellt werden können, sind beispielsweise eine Entzündung der so genannten Nierenkörperchen (Glomerulonephritis) und Schäden an den Nierenkörperchen mit Eiweißverlust (Nephrotisches Syndrom). Nach einer Nierentransplantation können z. B. Abstoßungsreaktionen, Infektionen oder Medikamentenschäden festgestellt werden.