Mit der Magnetresonanztomographie (MRT) am Herzen kann untersucht werden, ob die Funktionen richtig ablaufen. Dargestellt werden kann die Kontraktion des Herzmuskels beim Pumpen sowie auch das Volumen der Herzkammern. Herzklappenveränderungen wie Verengungen (Stenose) oder Erweiterungen (Insuffizienz) können nachgewiesen werden.
Aufschlussreich ist die Kernspintomographie auch zur Durchblutungssituation des Herzens. Beim Herzinfarkt kann genau gesehen werden, welche Areale abgestorben und vernarbt sind, auch wenn die Bereiche sehr klein sind. Es kann auch eine Aussage getroffen werden, ob sich eine Behandlung des Herzinfarktes noch lohnt, z. B. durch einen Bypass oder eine Erweiterung des zuführenden Gefäßes (PTCA).
Die Herzkranzgefäße werden in der Kernspintomographie ebenfalls abgebildet. Veränderungen wie Verengungen, Blutgerinnsel, Aussackungen der Gefäßwand oder Entzündungen können erkannt werden. Jedoch lassen sich Verkalkungen nicht darstellen. Auch können Herzkranzgefäße, die nur einen geringen Durchmesser haben, nicht gesehen werden. Deshalb kann manchmal eine Herzkatheter-Untersuchung sinnvoller sein, bei der die Gefäße in ihrem kompletten Verlauf beurteilt werden können.
Nach Bypass-Operationen kann mit der Kernspintomographie überprüft werden, ob diese Gefäßverbindungsstellen durchgängig sind.
Des Weiteren können mit der Kernspintomographie Herzentzündungen (Myokarditis) oder Tumore des Herzens wie Lipome oder Myxome gesehen werden.