Innerhalb der körperlichen Untersuchung werden die Maße bestimmt, also die Körpergröße und das Gewicht. Es kann der Body-Mass-Index berechnet werden, durch den sich erkennen lässt, ob ein Normalgewicht, Übergewicht oder Untergewicht vorhanden ist. Die einzelnen Organe und Organsysteme werden untersucht, unter anderem Herz und Lunge, Bauchorgane, Haut, Mund, Zähne und Rachen. Besonders begutachtet werden die Geschlechtsorgane, um festzustellen, ob die Pubertätsentwicklung normal ist. Ebenfalls wird beurteilt, ob die Körperhaltung gut ist und das Skelett regelrecht entwickelt ist. Auf eine Minderbeweglichkeit der Hüfte wird geachtet. Der Blutdruck wird gemessen und eine Urinprobe wird genommen. Bei Bedarf erfolgt auch eine Blutentnahme, wodurch sich z. B. der Cholesterinspiegel und die Schilddrüsenwerte kontrollieren lassen. Es erfolgt eine Hörprüfung und ein Sehtest, bei dem auch das Farbensehen überprüft wird. Der Arzt schaut sich dann z. B. noch die Schrift des Patienten an, um zu beurteilen, ob feine Bewegungsabläufe gut beherrscht werden.
Der Patient füllt selbst einen speziellen Jugendlichen-Fragebogen aus. Darin geht es unter anderem um Krankheitsanzeichen, Verhaltensstörungen, Ängstlichkeit, Schlafprobleme, Gewichtsstörungen und psychische Beschwerden.
Von zentraler Bedeutung innerhalb der J1 ist das Gespräch zwischen dem Mädchen oder dem Jungen mit dem Arzt. Die Eltern nehmen daran nicht teil, so dass auch Themen angesprochen werden können, die in der Familie unangenehm oder tabu sind. Da auch der Kinder- oder Jugendarzt der ärztlichen Schweigepflicht unterliegt, werden die Gesprächsinhalte den Eltern nicht mitgeteilt. So kann das Gespräch z. B. von Sexualität und Verhütungsmethoden, Alkohol, Zigaretten und anderen Rauschmitteln, den schulischen Leistungen oder sozialen Problemen in der Familie, bei den Freunden oder in der Schule handeln. In diesem Alter treten auch gehäuft Störungen des Essverhaltens wie Fettleibigkeit, Magersucht (Anorexie) oder Ess-Brech-Sucht (Bulimie) auf, was dann ebenfalls zur Sprache kommen kann. Der Arzt berät das Mädchen oder den Jungen zu einigen weiteren Gesundheitsthemen, z. B. über den Jodbedarf oder Hautprobleme wie Akne.
Falls dem Patienten Blut abgenommen wird, kann es zu meist unbedeutenden Komplikationen wie Blutungen, kleinen Vernarbungen oder sehr selten zu Infektionen kommen. Ansonsten bestehen bei der Jugendgesundheitsuntersuchung keine Risiken.
Als weitere Maßnahmen am Untersuchungstermin können auch Impfungen vorgenommen werden. So kann ein eventuell nicht ausreichender Impfschutz aufgefrischt werden. Bei Mädchen kann eine Impfung gegen HPV (Humanes Papillom-Virus, welches unter anderem zu Gebärmutterhalskrebs führen kann) vorgenommen werden. Hatte der Patient bisher noch keine Windpocken, so kann auch eine Windpocken-Impfung angezeigt sein.
Bei Bedarf können durch auffällige Ergebnisse in der J1 auch weitergehende Untersuchungen erforderlich werden.
Die J1 ist die letzte reguläre Untersuchung aus der Reihe zur Früherkennung im Kindes- und Jugendalter. Als Zusatzuntersuchung kann zwischen dem 16. und 18. Lebensjahr noch die J2 vorgenommen werden.