Eine Gelenkpunktion wird oftmals bei einem Gelenkerguss durchgeführt. Ein solcher Erguss ist eine Flüssigkeitsansammlung in der Gelenkhöhle, die durch verschiedene Ursachen bedingt sein kann. Entstehen kann ein Gelenkerguss z. B. bei Krankheiten wie Gelenkinfektionen, Arthrose (Gelenkverschleiß), rheumatischen Erkrankungen oder Gicht. Ein blutiger Erguss (Hämarthros) kommt nach Verletzungen, die Knorpel, Gelenkkapsel oder Bänder betreffen, sowie unter anderem bei der Bluter-Krankheit vor.
Im Prinzip lässt sich eine Punktion an jedem größeren Gelenk des Körpers durchführen, besonders häufig erfolgt sie jedoch am Kniegelenk sowie auch am Schultergelenk.