Vor einer ERCP (endoskopische retrograde Cholangio-Pankreatikographie) wird meist über eine Vene ein starkes Beruhigungsmittel verabreicht, manchmal erfolgt auch eine Narkose. Der Patient liegt zunächst auf der linken Körperseite. Nach Betäubung des Rachens mit einem Spray wird das optische Spiegelungsinstrument (Endoskop) über den Mund, die Speiseröhre und den Magen bis in den Zwölffingerdarm vorgeschoben. Daraufhin wird der Patient auf den Bauch gedreht. Der Untersucher spritzt über das Endoskop ein Kontrastmittel durch die so genannte Vater-Papille, so dass es in den Gallengang und den Bauchspeicheldrüsengang gelangt. Dies geschieht während einer Durchleuchtung mit einem Röntgengerät. Nun werden die benötigten Röntgenbilder aufgenommen.
Daraufhin können, falls notwendig, kleine Eingriffe wie z. B. eine Probeentnahme (Biopsie), eine Steinentfernung, Aufweitung oder Einbringung eines Stents (innere Schienung) erfolgen.
Nach allen Maßnahmen wird das Endoskop wieder herausgezogen. Der Arzt kann die Röntgenbilder beurteilen.