Die ERCP wird oft durchgeführt, wenn ein Verdacht auf eine Abflussstörung der Gallenflüssigkeit beziehungsweise des Bauchspeicheldrüsen-Sekrets besteht. Dies kann bei Symptomen wie z. B. Gelbsucht (Ikterus) der Fall sein, aber auch, wenn in anderen Untersuchungen wie z. B. dem Ultraschall auffällige Befunde gesehen wurden. Erkrankungen, die durch die ERCP erkannt und beurteilt werden können, sind Gallensteine, Verengungen in den Gängen, länger andauernde Entzündungen der Gallenwege oder der Bauchspeicheldrüse, Tumore sowie Zysten (flüssigkeitsgefüllte Hohlräume) in diesem Bereich. Wird bei der ERCP eine Gewebeprobe entnommen (Biopsie), kann beispielsweise die genaue Art eines Tumors bestimmt werden.
Doch nicht nur als Untersuchung, sondern auch zur Therapie eignet sich die ERCP. Im Rahmen der Maßnahme können beispielsweise Gallensteine herausgeholt, mit mehreren Methoden zertrümmert werden, Verengungen aufgedehnt werden oder innere Schienungen (Stents) in die Gänge eingearbeitet werden.