Symptome, die bei Erkrankungen im Dickdarm auftreten können und somit manchmal eine Koloskopie erfordern, sind z. B. Durchfall, Verstopfung und Blähungen sowie Bauchschmerzen. Auch bei Blutbeimengungen im Stuhl, welche durch einen Test auf Blut im Stuhl festgestellt werden können, ist eine Darmspiegelung oft angezeigt.
Die Koloskopie wird häufig zur Feststellung oder zum Ausschluss von Dickdarmkrebs (kolorektales Karzinom) vorgenommen. Besonders wichtig ist die Spiegelung hier als Früherkennungsuntersuchung. Sie wird im Normalfall im 56. Lebensjahr sowie ein weiteres Mal zehn Jahre später vorgenommen. Bei besonderem Risiko des Patienten oder bei auffälligen anderen Befunden (z. B. Blut im Stuhl, unklare Gewichtsabnahme) erfolgt die Untersuchung auch früher oder häufiger. Neben dem Dickdarmkrebs können in einer Darmspiegelung unter anderem Polypen (gutartige Wucherungen, meist Adenome), chronisch-entzündliche Darmerkrankungen (Colitis ulcerosa, Morbus Crohn), weitere Entzündungen und Aussackungen der Darmwand (Divertikel, Divertikulose, bei Entzündung: Divertikulitis) festgestellt und beurteilt werden.