Zur Magensaftanalyse wird eine Magensonde gelegt. Das ist ein flexibler Kunststoffschlauch, der über den Mund oder die Nase, den Rachen und die Speiseröhre bis in den Magen vorgeschoben wird. Für diesen Vorgang wird der Rachen örtlich betäubt und die Sonde mit einem Gleitgel versehen. Mit einer Spritze am oberen Ende der Sonde kann Magenflüssigkeit herausgesogen werden. Falls ein Stimulationstest (Pentagastrin-Test) erfolgen soll, wird die stimulierende Substanz verabreicht und danach erneut untersucht. Ansonsten kann die Magensonde gleich wieder entfernt werden. Der gewonnene Magensaft wird in ein Probenröhrchen gegeben und in ein Labor geschickt.
Zum Test auf Tuberkulose wird die Magensaftuntersuchung an drei folgenden Tagen vorgenommen.