Festgestellt werden kann beispielsweise, ob der Magensäuregehalt erhöht ist. Dies kann zu einer Magenentzündung (Gastritis) und zu Geschwüren im Magen und Zwölffingerdarm führen. Der Magensäuregehalt kann z. B. beim seltenen so genannten Zollinger-Ellison-Syndrom erhöht sein, einem Tumor, der das Hormon Gastrin produziert und so eine vermehrte Säureproduktion im Magen bewirkt.
Ein zu niedriger Säuregehalt im Magensaft kann ebenfalls durch die Magensaftuntersuchung festgestellt werden. Dies kann wiederum z. B. durch eine chronische Magenentzündung bedingt sein. Durch einen Mangel an Magensäure kann es zu einer bestimmten Form der Blutarmut, der perniziösen Anämie, kommen. Ebenfalls ist das Risiko für Magenkrebs (Magenkarzinom) erhöht.
Die Bestimmung der Magensäure ist auch von Interesse, wenn ein Rückfluss von Magensaft in die Speiseröhre (Refluxkrankheit) genauer untersucht werden soll.
Durch eine Magensaftanalyse können des Weiteren Mengenveränderungen der Flüssigkeit aufgedeckt werden. Nach einer Entfernung oder Teilentfernung des Magens kann untersucht werden, ob hierdurch die Magensaftproduktion verringert ist.
Vor allem aber eignet sich die Magensaftuntersuchung, um eine Tuberkulose festzustellen. Dies geschieht durch Nachweis der Tuberkel-Bakterien im Magensaft.
