Vor einer Proktoskopie erfolgt zunächst eine Betrachtung der Analregion von außen und eine Austastung mit dem Finger. Eine Betäubung ist vor der Analkanalspiegelung normalerweise nicht notwendig, da meist keine Schmerzen auftreten, es kann jedoch ein Beruhigungsmittel gegeben werden. Der Patient legt sich auf die linke Seite oder setzt sich auf einen Spezialstuhl, so dass die Beine abgespreizt sind.
Das Proktoskop wird mit einem Gleitmittel versehen und in den After eingeschoben. Der innen liegende Konus wird herausgezogen. Das rohrartige Proktoskop wird langsam zurückgezogen, während der Arzt die Schleimhaut des Darmes beziehungsweise des Afters beurteilt. Gegebenenfalls führt er Eingriffe wie z. B. eine Probeentnahme von Gewebe oder eine Verödung von Hämorrhoiden durch. Am Ende wird das Proktoskop ganz herausgezogen. Insgesamt dauert die Untersuchung meist nicht länger als 10 Minuten.
