Der Kot kann zunächst nach den wahrnehmbaren Eigenschaften beurteilt werden, also nach der Farbe, der Konsistenz und dem Geruch. Beispiele für auffällige Stuhlveränderungen sind blutiger (roter) Stuhl bei Blutungen am Ende des Darms, schwarzer Stuhl (Teerstuhl) bei Blutungen in höheren Abschnitten des Verdauungstrakts (z. B. Magenblutung), grauer bis lehmfarbiger und glänzender Fettstuhl (Steatorrhoe) bei Fettstoffwechselstörungen oder besonders dünnflüssiger Stuhl (Reiswasserstuhl) bei Cholera.
In der Laboruntersuchung wird der Kot genauer beurteilt. In den meisten Fällen wird eine mikrobiologische Untersuchung, also eine Untersuchung auf Mikroorganismen, vorgenommen. Insbesondere sind dies Bakterien wie Salmonellen, Shigellen, Campylobacter, Yersinia und Escherichia coli.
Es kann aber auch eine Untersuchung auf Parasiten, Pilze und Viren durchgeführt werden. Krankheitserreger können auf verschiedene Weise nachgewiesen werden. So erfolgt eine Betrachtung unter dem Mikroskop nach Anfärben mit speziellen Mitteln. Eine Bakterienkultur wird angelegt, um den Erreger anzuzüchten und dann mit speziellen Nachweismethoden zu bestimmen. Manchmal werden besondere Untersuchungen erforderlich, z. B. mit der so genannten Polymerase-Kettenreaktion. Neben der mikrobiologischen Diagnostik kann eine Analyse der stofflichen Zusammensetzung des Stuhls erfolgen, um andere Krankheiten (z. B. Stoffwechselerkrankungen) zu erkennen.
Beim Haemoccult-Test wird verborgenes Blut im Stuhl anhand einer speziellen chemischen Reaktion sichtbar gemacht.
