Die Anbauverbände haben eigenständige Richtlinien, die nicht nur den Bio-Standard erfüllen, sondern noch deutlich darüber hinaus gehen. Als Beispiel sei Demeter genannt, der sich dem biologisch-dynamischen Landbau verschrieben hat. Die Erzeugnisse mit dem Demeter-Logo müssen einige weitere Grundsätze in der Produktion aufweisen, etwa eine besondere Vielfalt von Tier- und Pflanzenarten auf dem Hof oder spirituelle Aspekte. Auch verpflichten sich die Bio-Verbände meist, dass das Lebensmittel zu 100 Prozent aus Bio-Produktion stammt (und nicht zu mindestens 95 Prozent wie nach der EU-Verordnung).
In Deutschland gibt es eine Reihe von spezialisierten Bio-Verbänden. Teils agieren sie in ganzen Bundesgebiet, teils haben sie einen Schwerpunkt in gewissen Gegenden. Die wichtigsten in Deutschland zugelassenen Anbauverbände sind:
Bio-Handelsmarken weisen weitere eigene Logos auf. Nicht nur Bio-Ladenketten, sondern praktisch jede Handelskette oder jeder Supermarkt führt eine eigene Biomarke. Die dazugehörigen Logos sind meist so gehalten, dass der Bio-Charakter zum Ausdruck kommt. Meist halten sich die Firmen an die Bio-Vorgaben, doch eine hundertprozentige Gewährleistung sind die „Marken-Siegel" nicht.
Über die Bio-Siegel hinaus ist es nur bei wirklichen Bio-Produkten erlaubt, auch die Wörter „Bio" oder „Öko" zu benutzen. Deshalb kann in Deutschland bei der Verwendung dieser Wörter sichergegangen werden, dass es sich um ein kontrolliertes Bio-Produkt handelt, wie auch beim Bio-Siegel.
Manche Firmen benutzen auf ihren Produkten Pseudo-Siegel oder täuschende ökologische Bezeichnungen, obwohl sie die Qualität Bio nicht erfüllen. Gerne verwendet werden Wörter wie „naturnah", „aus kontrolliertem Anbau", „ungespritzt" oder „umweltschonend". Hierunter kann sich schnell eine Verbrauchertäuschung verbergen. Und auf den betreffenden Packungen finden sich vielfach Zeichnungen von grünen Naturszenerien oder von glücklichen Tieren. Solange nicht die Bezeichung „Bio" oder „Öko" beziehungsweise das Siegel auftaucht, ist ein Lebensmittel nicht als Bio-Erzeugnis charakterisiert.