Aufgrund seiner Bitterstoffe kann der Wermut bei Appetitlosigkeit, Verdauungsbeschwerden, Blähungen, aber auch bei Gallenwegserkrankungen mit gestörter Gallenausscheidung und Lebererkrankungen mit gestörter Gallensäureproduktion angewendet werden.
In der Volksmedizin wird die Pflanze auch bei Entzündungen, Gallenblasenerkrankungen, Gallenkoliken, Krämpfen, Bauchschmerzen, Magenschleimhautentzündung, Übelkeit und Erbrechen eingesetzt. Nicht gesichert ist die Wirkung bei Gelbsucht, Nierenschwäche, Ohrenschmerzen, Verstauchungen, offenen Wunden, Quetschungen, Mundgeruch und Würmern.
Der Wermut wird innerlich als Tee angewendet. Es wird dafür ½ Teelöffel (1 Teelöffel entspricht ca. 1,5 g) getrocknetes Wermutkraut mit etwa 150 mL siedendem Wasser übergossen und nach 10 Minuten abgeseiht. Bei Appetitlosigkeit wird eine Tasse eine halbe Stunde vor dem Essen getrunken. Soll der Gallenfluss gefördert werden, wird eine Tasse Tee nach dem Essen getrunken. Die Tagesdosis beträgt 2 - 3 g getrocknetes Wermutkraut.