Wermut sollte nicht während der Schwangerschaft oder Stillzeit angewendet werden. Bei Säuglingen und Kleinkindern sollte die Pflanze nicht verwendet werden.
Werden Magen-Darm-Beschwerden durch übermäßige Säureproduktion verursacht, ist von einer Anwendung abzuraten. Bei Gallensteinleiden sollte Wermut nicht eingenommen werden.
Besteht eine Überempfindlichkeit gegenüber Korbblütler sollte Wermut nicht angewendet werden.
Das ätherische Öl des Wermuts ist giftig, bei einer Überdosierung kann es deshalb zu einer Vergiftung kommen. Diese äußert sich durch Kopfschmerzen, Schwindel, Krämpfe und Bewusstlosigkeit.
Es können allergische Reaktionen auftreten.