Bei Ödemen, die durch unzureichende Herz- und Nierentätigkeit hervorgerufen werden, darf Ackerschachtelhalm nicht eingesetzt werden.
Schachtelhalm darf bei Säuglingen und Kindern nicht ohne ärztlichen Rat angewendet werden.
Ebenfalls darf Schachtelhalm nicht bei größeren Hautverletzungen, akuten unklaren Hauterkrankungen, schweren fieberhaften oder infektiösen Erkrankungen, Bluthochdruck und Herzinsuffizienz verwendet werden.
Es besteht Verwechslungsgefahr mit dem giftigen Sumpf-Schachtelhalm.
Bei längerer Anwendung kann es zu Vitamin B1-Mangel kommen.
Bei einer Durchspültherapie muss auf eine ausreichende Flüssigkeitszufuhr geachtet werden.