In den meisten Fällen bedingt eine mechanische Belastung der Afterschleimhaut die Analfissur. Dies ist z. B. der Fall, wenn der Stuhl verhärtet ist. Der Grund ist meist eine starke Verstopfung. Starkes Pressen spielt ebenfalls eine Rolle. In aller Regel entsteht ein Riss in Längsrichtung. Dadurch, dass der Schließmuskel sich stark zusammenzieht und verkrampft, verstärkt sich der Riss der Schleimhaut noch. Es kann dann auch schneller zu erneuten Rissen an anderer Stelle kommen. Zudem können frisch verheilte Analfissuren rasch wieder aufreißen.
Einige Gegebenheiten können die Gefahr einer Analfissur erhöhen. So tritt ein solcher Riss unter anderem häufiger bei vergrößerten Hämorrhoiden, aber auch bei anhaltenden Durchfällen auf.