Der Patient erhält bei beiden Arten des Laktose-Toleranz-Tests zunächst eine gewisse Menge Laktose, in der Regel 50 Gramm des Milchzuckers in 400 Millilitern Wasser aufgelöst. Bei Kindern wird die verabreichte Menge dem Alter entsprechend angepasst.
Das weitere Vorgehen unterscheidet sich bei den beiden Tests. Beim venösen Laktose-Toleranz-Test wird zunächst noch vor der Gabe der Laktose eine Blutprobe aus einer Vene, meist am Arm, abgenommen. Dann erfolgen weitere Blutentnahmen nach 30, 60, 90 und 120 Minuten. In jeder Blutprobe wird dann im Labor der Blutzuckergehalt getestet. Anhand des mehr oder weniger starken Anstiegs des Blutzuckerwertes im Laufe des Versuchs kann abgelesen werden, ob eine Laktose-Intoleranz des Patienten vorliegt oder nicht.
Beim Laktose-H2-Atemtest wird vor der Gabe der Laktose sowie erneut nach 30, 60, 90, 120, 150 und 180 Minuten der H2-Gehalt der ausgeatmeten Luft bestimmt. Dies geschieht mit einem speziellen Analysegerät. Ein deutlicher Anstieg des H2-Wertes zeigt eine Laktose-Intoleranz an.
Bei beiden Arten des Tests wird auch auf mögliche Symptome wie Blähungen und Durchfall geachtet, die bei Laktose-Intoleranz normalerweise innerhalb von 8 Stunden auftreten.