Bei der Vielzahl von verschiedenen möglichen endoskopischen Untersuchungen kommen etliche weitere Verfahren in Betracht. Insbesondere können sich bildgebende Verfahren eignen, wie beispielsweise Röntgen, Ultraschall und Computertomographie (CT). Als virtuelle Endoskopie wird eine moderne Art der Computertomographie (oder anderer Bildgebung) bezeichnet, mit der es möglich ist, Hohlorgane dreidimensional darzustellen. Eine weitere neuere Untersuchungsmethode, die unter Umständen vorgenommen werden kann, ist das Schlucken einer speziellen Kapsel, die Bilder aus dem Inneren des Verdauungstraktes nach außen sendet (Kapselendoskopie). Mit der Methode lassen sich z. B. krankhafte Veränderungen im Dünndarm beurteilen, die mit einer herkömmlichen Endoskopie nicht erreichbar sind.
