Mit der ökologischen Produktion ist schon viel getan in Sachen Umweltschutz. Aber wenn ein Lebensmittel als Bio-Produkt bezeichnet wird, heißt es nicht, dass es in allen Belangen umweltschonend hergestellt wurde. Das Bio-Siegel lässt einige Kompromisse zu. Zu einem gewissen, wenn auch kleinen, Prozentsatz dürfen die Bio-Lebensmittel nämlich aus herkömmlich hergestellten Zutaten bestehen. Es darf nach der EG-Öko-Verordnung bis zu 5 Prozent konventionelle Ware mit verarbeitet werden.
Anbauverbände haben strengere Richtlinien. Meist wird von den Verbänden gefordert, dass die Lebensmittel zu 100 Prozent aus Bio-Zutaten bestehen. Doch eine komplett umweltschonende Herstellung von Lebensmitteln ist meist Utopie. Es lässt sich jedoch dafür sorgen, dass die Produktion und Verarbeitung im möglichst großem Maße umweltfreundlich erfolgt.
Selbst in der streng ausgeübten ökologischen Landwirtschaft lässt sich nicht verhindern, dass gentechnisch veränderte Verunreinigungen auftreten. Das genmanipulierte Material verbreitet sich z. B. im Saatgut immer mehr und es besteht die Gefahr, dass es die Öko-Population durchdringt. Möglicherweise wird es bald schwierig, garantiert reine Bio-Pflanzen zu bekommen.
Ein weiteres Problem können die Transportwege sein. Je weiter ein Produkt transportiert werden muss, umso mehr Kraftstoff wird verbraucht und Schadstoffe gelangen in die Luft. Transportiert werden müssen praktisch alle Waren. Besonders wirkt sich der Transport jedoch z. B. bei exotischen Früchten oder bei im Ausland verarbeiteten Produkten (geringere Produktionskosten) aus. Deshalb sollten regionale Bio-Produkte bevorzugt werden, wenn die Umweltbelastung gering gehalten werden soll.
Zudem können viele Mechanismen, durch die Treibhausgase freigesetzt werden, auch durch Öko-Landwirtschaft nicht unterbunden werden. Beispielsweise hat die Tierzucht einen großen Anteil an der Entstehung von Klimagasen, daran kann auch dessen Bio-Erzeugung nicht sonderlich viel ausrichten.
