Eine nachhaltige Wirtschaftsweise sorgt zudem für eine größere Artenvielfalt. Die Ackerränder bieten vielen Arten von Pflanzen und auch Tieren eine Lebensgrundlage, ebenso wie Wiesen und gerade brachliegende Felder.
Die artgerechte Tierhaltung ist ein wichtiges Anliegen für Bio-Bauern und Verbraucher. Die Nutztiere sind bekanntlich Lebewesen mit ausgeprägten Sinnen und einem Schmerzempfinden. In der herkömmlichen Nutztierhaltung steht den Hühnern, Schweinen oder Rindern nur ein sehr geringer Raum zur Verfügung, sie müssen teilweise auf der Stelle verharren und können oft nicht ihren natürlichen Aktivitäten nachgehen. Die Tierzucht in der ökologischen Landwirtschaft bietet viel mehr Platz, für jede Tierart gibt es eine eigene Bestimmung der notwendigen Zuchtflächen. Die Tiere bekommen ausreichend Auslauf im Freiland.
Nicht nur für das Tier selbst ergeben sich Vorteile. Weil nur eine begrenzte Anzahl Tiere pro Fläche gehalten werden darf, wird der Boden nicht zu stark durch die Ausscheidungen beeinträchtigt. Es wird unterbunden, dass das Grundwasser zu intensiv belastet ist. Eine zu starke Beanspruchung der Weiden durch die Abgrasung wird verhindert.
In den Richtlinien zur EG-Öko-Verordnung sind noch einige weitere Aspekte tierfreundlicher Haltung zu finden, beispielsweise die tiergerechte Wahl des Bodens in den Stallungen oder das dort erforderliche natürliche Licht. Die Tiere dürfen nur mit ökologisch hergestelltem Futter ernährt werden. Tiermehl ist als Futter nicht gestattet. Bestimmte Vorschriften gelten unter anderem auch für die Zucht von Bienen.