Mineralische Düngemittel werden in der Bio-Landwirtschaft nicht eingesetzt. Die Mineraldünger können zur Anreicherung schädlicher Substanzen in der Umwelt führen. Das Grundwasser wird belastet, und im Oberflächenwasser sammeln sich die Mineralstoffe ebenfalls an. Es besteht die Gefahr, dass Gewässer zu viele Mineralien und Nährstoffe bekommen, unter zu großem Algenwachstum leiden und „umkippen" (eutrophieren).
In der konventionellen Landwirtschaft werden den Nutztieren oftmals Antibiotika gegeben. Das ist bei der Bio-Landwirtschaft bis auf absolute Ausnahmen verboten. Andere chemische Medikamente werden ebenfalls nur im Notfall eingesetzt. Präparate zur Leistungssteigerung und zum Wachstum sind nicht erlaubt.
In der ökologischen Landwirtschaft wird auch auf Gentechnik verzichtet. Als Gentechnik wird die gezielte Veränderung der Erbinformation von Lebewesen bezeichnet. Die manipulierten Gene und dazugehörigen Lebewesen können sich in der Umwelt verbreiten. Die Auswirkungen beispielsweise auf das ökologische Gleichgewicht sind nicht abzuschätzen. Das ist für Öko-Landwirte Grund genug, um die Gentechnik abzulehnen.
Außerdem wird in der Bio-Produktion auf eine Lebensmittelbestrahlung verzichtet, da deren mögliche Gefahren auf Umwelt und Gesundheit unüberschaubar sind.