Aufgrund der enthaltenen Senföle wirkt Meerrettich antimikrobiell (hemmt das Wachstum von Mikroorganismen) und hyperämisierend (durchblutungsfördernd). Aus diesem Grund wird er bei Katarrhen (Entzündung der Schleimhäute) der Luftwege, Bronchitis, zur unterstützenden Therapie bei Infektionen der Harnwege und bei Muskelschmerzen zur Förderung der Durchblutung eingesetzt.
Der Meerrettich kann auch zur Vorbeugung von Erkältungskrankheiten und zur Stärkung des Immunsystems verwendet werden.
Bei Rheuma und Entzündungen kann der Meerrettich als Counterirritans verwendet werden. Durch seine reizende Wirkung entsteht dabei ein Gegenreiz zu den vorhandenen Schmerzen, der zu einer Schmerzlinderung führen kann.
Weitere Anwendungsgebiete, bei denen die Wirkung jedoch nicht gesichert ist, sind Halsschmerzen, Leber- und Gallenwegserkrankungen, Verdauungsbeschwerden, Nebenhöhlenentzündungen, Asthma, Mandelentzündung, Fieber, Zahnschmerzen, Insektenstiche, Skorbut, Kopfschmerzen und Keuchhusten.
Meerrettich kann frisch, getrocknet oder als Frischpflanzensaft angewendet werden.
Es wird eine mittlere Tagesdosis von 20 g Wurzel empfohlen.
In Form von Salben und Gelen kann Meerrettich auch äußerlich angewendet werden. Ihr Gehalt an Senfölen sollte jedoch nicht größer als 2 % sein.