Eine häufige Ursache für das Analekzem sind vergrößerte Hämorrhoiden (Hämorrhoidalleiden). Weitere Erkrankungen im Analbereich, z. B. Fisteln (Entzündungskanälchen, die in die Haut münden), können ebenfalls die Ursache darstellen. Stuhlinkontinenz (Schwäche des Schließmuskels mit unwillkürlichem Stuhlabgang) oder Durchfälle sowie bereits der Verzehr sehr scharfer Speisen können das Ekzem bedingen. Ein Analekzem entwickelt sich oftmals auf dem Boden einer Hauterkrankung, z. B. einer Kontaktallergie, einer Schuppenflechte oder einer Neurodermitis. Vor allem bei Kindern kann bisweilen sogar eine Wurmerkrankung dahinter stecken. In vielen Fällen ist aber auch lediglich eine falsche Hygiene im Afterbereich für das Ekzem verantwortlich.
Das Analekzem wird ohnehin durch die Bedingungen im Bereich des Afters beziehungsweise der Gesäßfalte begünstigt. Das Areal innerhalb der Falte ist oft nach außen abgeschlossen, und es entwickelt sich durch Schweißabsonderung ein feuchtes Milieu, das die Entwicklung des Ausschlages fördert. Wischen und Reiben nach dem Stuhlgang können zu einer weiteren Reizung führen.
