In nahezu allen Fällen genügt ein Bio-Produkt auch den Richtlinien. Die Ausdrücke „Bio" und „Öko" sowie das deutsche und das europäische Bio-Siegel dürfen nur vergeben werden, wenn die Voraussetzungen erfüllt sind. Landwirte oder Hersteller müssen sich dazu zertifizieren lassen. Eine Kontrollstelle überprüft in regelmäßigen Abständen, ob sich die Betriebe daran halten. Entspricht eine Herstellung nicht den Vorgaben der ökologischen Landwirtschaft, wird die Bio-Zertifizierung entzogen. Bereits in Umlauf gebrachte Ware wird zurückgerufen. Daher können Kunden davon ausgehen, dass sie die Bio-Qualität erhalten, wenn sie die Lebensmittel mit Bio-Siegel kaufen.
Die Kontrollstellen sind privat, aber müssen eine staatliche Zulassung besitzen. Die Kontrollstellen selbst werden vom Staat kontrolliert. Die Kontrollstellen überprüfen die Betriebe mindestens einmal jährlich, zudem können unangekündigte Überprüfungen anberaumt werden. Betriebe müssen Buch führen, dass sie nach der EU-Öko-Verordnung produzieren, und dass der Handel mit rechten Dingen abläuft. Oft wird der Hof oder die Produktionsstätte selbst kontrolliert. Außerhalb der Europäischen Union gibt es ebenfalls Institutionen, die die Bio-Betriebe nach den Maßgaben kontrollieren.
Noch sicherer sind Produkte, die über die renommierten Anbauverbände wie Bioland, Demeter oder Naturland laufen. Nicht nur überprüfen die Verbände selbst regelmäßig die Einhaltung der Bio-Richtlinien. Sie haben sogar eigene Richtlinien, die um einiges strenger als die bloßen staatlichen Bio-Voraussetzungen sind.