Der Wacholder wird bei Verdauungsbeschwerden, Völlegefühl und Blähungen angewendet. Er wirkt harntreibend, sollte jedoch nicht zur Durchspültherapie verwendet werden, da er die Nieren reizt. Aufgrund seiner hautreizenden Wirkung kann der Wacholder auch bei rheumatischen Erkrankungen eingesetzt werden.
In der Volksmedizin wird die Pflanze bei Appetitlosigkeit, Mundgeruch, Leberschwäche, Bronchitis, Migräne, Kopfschmerzen, Menstruationsbeschwerden, Zahnfleischentzündung und Wassersucht angewendet.
Innerlich wird der Wacholder als Tee angewendet. Dafür wird 1 Teelöffel (ca. 2 g) Wacholderbeeren zerquetscht und mit 150 mL heißem Wasser übergossen. Nach 10 Minuten kann abgeseiht werden. Bei Verdauungsbeschwerden, Völlegefühl und Blähungen wird 3 - 4 Mal täglich eine Tasse getrunken. Die Tagesdosis beträgt 2 bis maximal 10 g getrocknete Wacholderbeeren, bzw. 20 - 100 mg ätherisches Öl.
Auch äußerlich kann die Pflanze angewendet werden. Für ein Vollbad werden 100 g zerkleinerte Beeren mit ½ L Wasser bedeckt, 15 Minuten lang gekocht, abgeseiht und dem Badewasser hinzugegeben.
