Die Körpermaße des Patienten werden erhoben. Dazu gehören die Körpergröße und das Körpergewicht, aus denen der so genannte Body-Mass-Index errechnet werden kann. So kann beurteilt werden, ob ein Normalgewicht, ein Übergewicht oder ein Untergewicht besteht. Dann erfolgt eine körperliche Untersuchung verschiedener Organe, wie unter anderem Herz und Lunge, Baucheingeweiden, Haut, Mund und Gebiss sowie die Schilddrüse. Ebenfalls werden die Geschlechtsorgane untersucht. Der Blutdruck wird gemessen. Die Körperhaltung wird beurteilt. Es erfolgt ein Hörtest und ein Sehtest. Manchmal wird auch Blut abgenommen, um z. B. eine Cholesterinbestimmung durchführen zu können. Gegebenenfalls kann ein Allergietest vorgenommen werden.
Das Gespräch zwischen dem Arzt und dem Jugendlichen im Rahmen der J2 ist von großer Wichtigkeit, um verschiedene Störungen aufzudecken. Es findet ohne das Beisein der Eltern statt, damit auch Themen zur Sprache kommen können, die in der Familie ein Tabu darstellen. Oft füllt der Patient auch einen speziellen Jugendlichen-Fragebogen zu unterschiedlichen Themen aus. Der Arzt bringt in Erfahrung, ob psychische Probleme, Verhaltensauffälligkeiten, Störungen der Sexualität, Probleme in der Partnerschaft oder im Umfeld vorhanden sind. Zur Sprache kommen auch möglicher Stress, Rauchen, Alkoholkonsum und Drogen sowie der Umgang mit Medien. Es erfolgt dann eine Beratung durch den Arzt. Das Gesundheitsbewusstsein des Jugendlichen soll geschärft werden, z. B. im Hinblick auf eine gute Ernährung und ausreichende körperliche Bewegung. Es kann besprochen werden, wie Unfälle oder Gewalt vermieden werden können. Es geht ebenfalls um die Verhütung einer Schwangerschaft oder von Geschlechtskrankheiten wie z. B. HIV. Wichtig ist es in diesem Alter oft, über die Berufswahl des Jugendlichen zu sprechen. So kann herausgefunden werden, ob der Jugendliche für diesen Beruf überhaupt geeignet ist oder ob etwas gegen den gewünschten Beruf spricht (z. B. eine Allergie).
Falls eine Blutentnahme erfolgt, können meist geringe Komplikationen wie Blutungen, kleine Narben oder sehr selten Infektionen auftreten. Ansonsten bestehen bei der J2 keine Risiken.
Die Untersuchung erfasst normalerweise alle wichtigen Gesundheitsaspekte. Nicht selten können bei verschiedenen Problemen weitergehende Untersuchungen oder Behandlungen notwendig werden. Sollte der Impfschutz nicht ausreichend sein, so kann er am selben Termin aufgefrischt werden.