Gewürznelken wirken antiseptisch (keimtötend), antibakteriell, antifugal (pilzhemmend), antiviral, lokalanästhetisch und spasmolytisch (krampflösend) auf die Atemwegs- und Darmmuskulatur. Sie werden daher bei entzündlichen Veränderungen der Mund- und Rachenschleimhaut, zur lokalen Schmerzstillung bei Zahnschmerzen und als Antiseptikum bei Wurzelbehandlungen verwendet. Auch bei Übelkeit und Appetitlosigkeit kann sie angewendet werden.
In der Volksmedizin wird die Gewürznelke auch bei Blähungen, zur Vermeidung von Insektenstichen, bei Mundgeruch, Kopfschmerzen, Infekten der oberen Atemwege, rauem Hals, Husten und Entzündungen der Atemwege angewendet.
Bei Entzündungen im Mund wird Gewürznelkenöl konzentriert äußerlich angewendet. Soll es als Mundspüllösung verwendet werden, sollte das ätherische Öl auf 1 - 5 % mit Wasser verdünnt werden.
Zur Anwendung bei Kopfschmerzen werden die Gewürznelken schwach erhitzt, in einem Mörser zu einer Paste verrieben und auf Nasenwurzel oder Stirn aufgelegt. Für die innerliche Anwendung werden 3 - 6 g Gewürznelken als Abkochung angewendet. Diese wird 3 Mal täglich eingenommen.