Gewürznelken dürfen nicht bei Allergien gegen Myrtengewächse (z. B. Eukalyptus) angewendet werden.
Bei Säuglingen und Kleinkindern sollten Gewürznelken nicht angewendet werden, da das enthaltene Eugenol Verkrampfungen des Kehlkopfs auslösen und Atemstörungen herbeiführen kann. Auch während der Schwangerschaft und der Stillzeit sollten sie nicht eingesetzt werden.
Das ätherische Öl kann äußerlich und innerlich angewendet allergische Reaktionen auslösen. Meist treten dabei allergische Haut- und Schleimhautreaktionen auf.
In hohen Dosen wirkt das Öl reizend und kann vor allem auf der Mundschleimhaut ein brennendes Gefühl auslösen.